گفته مورخان؛ معلوم گردیده که در جای کنونی پل خواجو ، پل دیگری وجود داشته که قابل استفاده نبوده است.از این رو شاه عباس دوم دستور داد؛ پلی بر روی زاینده رود، نزدیکی باغ سعادت آباد و عمارت آینه خانه ساخته شود.
بعدها در وسط این پل، ساختمان مخصوصی که به نام بیگلربیگی شهرت دارد بنا شد.
این پل که طولش حدود ۱۵۰ متر و عرضش حدود ۱۴ و معبر آن نیز حدود ۶ متر می‌باشد از سنگ و آجر ساخته شده و ۲۱ جوی و ۲۶ چشمه دارد.
این پل از حیث معماری و استحکام، از نظر آنوبانینی بی اندازه زیبا و بی نظیر است و شامل چهار طبقه در دو طرف داخلی معبر فوقانی می باشد که هر طرف ۵۱ غرفه بزرگ و کوچک دارد. جلو هر سقف و دیوار، پیش آمدگی و فرو رفتگی وجود دارد که اگر تختهای با اندازه دهانه پل ها بگذارند آب رودخانه بالا آمده و مدتی ذخیره میشود.
این پل علاوه بر اینکه برای عبور و مرور قوافل و عابران ساخته شده بود، برای تفرج و گردش مردم و پادشاه نیز مستعد بوده است.
چنانچه از قصص خاقانی نقل شده، در سال ۱۰۶۰ ه.ق. که پل ساخته شد؛ بعد از تعطیلات نوروز آن سال به فرمان شاه عباس دوم، پل را تزیین و چراغانی کردند و هر یک از غرفههای آن را یکی از امراء و بزرگان تزیین کردند و برای جشن مهیا نمودند.
هم اکنون اطراف پل مانند قدیم، در ایام بهار و تابستان و روزهای تعطیل، از گردشگاههای مهم اصفهان بوده و بعضی روزها به حدی جمعیت زیاد است که راه عبور و مرور در طبقه دوم تقریبا مشکل میشود.
این پل را به اسامی: بابا رکن الدین، خواجو، گبرها، شیراز، حسن آباد و پل شاهی نیز خواندهاند.
نامیدن آن به پل خواجو به مناسبت این است که در مجاورت محله خواجو ساخته است.
به طور کلی وجود تزئینات کاشیکاری فراوان و پشت بغل های چشمه های پایین و غرفه های بالا و نمای غرفه های طرفین با کاشیهای الوان، پل خواجو را در شمار آثار بسیار ممتاز اصفهان قرار می دهد، به طوری که کلیه سیاحان و جهانگردانی که در دوره های مختلف به اصفهان آمده اند زیبایی های پل خواجو را وصف کرده و آن را در زمره شاهکارهای مسلّم معماری ایرانی-اسلامی به شمار آورده اند.