دریاچه های بختگان و طشک دو فرونشست میانکوهی هستند که ارتفاع آنها از سطح دریای آزاد حدود ۱۵۵۸ متر است. دریاچة بختگان که در باختر نیریز قرار داردو به صورت یک فروافتادگی کشیده به طول تقریبی ۷۰ تا ۱۰۰ کیلومتر است که روند شمال باختر – جنوب خاور دارد و سطح زیر پوشش آن حدود ۲۰۰۰ کیلومترمربع است.
سواحل این دریاچه با رسوبات سفیدرنگ تبخیری پوشیده شدهاند ولی در سواحل نزدیک به سنگهای افیولیتی، رنگ تیرهتر است. دریاچة طَشک با وسعت تقریبی ۸۰۰ کیلومترمربع در شمال باختری دریاچة بختگان و ۱۶۰ کیلومتری خاور شیراز قرار دارد. تنها راه ارتباطی این دو دریاچه، از طریق دلتای رودکُر است که بخشی از آن به دریاچة بختگان و بخش دیگر به دریاچة طشک میریزد. تعدادی جزیره و شبه جزیرة کوچک و بزرگ از جنس رادیولاریت، سنگهای پلاژیک و آهکهای سروک در این دو دریاچه وجود دارند که مهمترین آنها جزایر نرگس و گنبان (در دریاچة طشک) و جزیرة مناک در دریاچة بختگان است که مساحت آنها، تابع شرایط بارندگی سالانه است. بلندترین نقطة جزیرة گنبان ۱۷۳۴ متر از سطح دریا است که از سطح دریاچه حدود ۱۸۵ متر بلندتر است. دریاچة طشک ژرفایی کمتر از بختگان دارد و در فصول خشک، ارتباط آن با بختگان قطع میشود.
تأمین کنندة اصلی آب این دو دریاچه، «رودکُر» است که از کوههای برآفتاب و موسیخانی، در ۵۰ کیلومتری جنوب باختری دهبید سرچشمه میگیرد و در شمال باختری مرودشت، پس از یکی شدن با رود شادکان (شادکام)، و عبور از دشت مرودشت به دریاچهها میریزد. از طریق چشمه سارها که از سنگآهکها و دولومیتهای پیرامون دریاچه سرچشمه میگیرند نیز مقدار قابل توجهی آب وارد دریاچهها میشود.
ترکیب شیمیایی آب دو دریاچه از نوع کلریدسدیم، کلریدمنیزیم، سولفات سدیم (۴SO 2Na 2MgCl، (NaCl می‌باشد.